乙型肝炎实验室诊断主要有乙肝病毒血清标志物检测、HBVDNA定量检测、肝功能化验，根据临床需要还可以做其他必要的检测。
1.乙肝病毒血清标志物检测(HBV-M)：
在乙肝的三大抗原-抗体系统中，由于HBcAg包囊在病毒外膜中，血液中不存在游离的HBcAg，需用去垢剂去掉病毒外膜后才能检出，因此不作为常规检测项，而其他各项均可在血液中检测到，故俗称“两对半”检查。
什么是大三阳、小三阳、小二阳?
乙肝“两对半”检测可有20多种表现形式，已知有大三阳、小三阳、小二阳，我们且把这些叫俗称，因为在医学上是没有这样的称呼。大三阳与小三阳的区别是第三项HBeAg是阳性还是阴性。由于HBeAg是病毒复制、传染的标志之一，所以有些人就认为大三阳患者一定就比小三阳患者严重，而小三阳病情静止或轻微。但随着HBVDNA检测技术的发展，发现小三阳、小二阳患者人群中有些是病毒变异的HBeAg阴性慢性乙肝，而我们知道HBeAg阴性慢性乙肝的病情是容易进展的，也是临床难治性肝病之一。
2.HBVDNA、基因型和变异检测：
乙肝“两对半”检查只是反映人体感染HBV的表现形式，它不能直接深入地揭示HBV在人体内的复制和致病情况，而HBVDNA检测可以帮助我们了解HBVDNA在患者体内的消长。
血清HBVDNA是病毒复制、传染的直接标志。HBVDNA定量检测已被越来越多的患者所接受，它的意义在于：
①直接反映HBV复制水平，可用于乙肝早期诊断、传染性判断、抗病毒治疗的选择标准和疗效考核;
②能提示有HBV 的基因变异，尤其是隐匿性慢性乙型肝炎有重要意义。
基因型和变异检测：常用的方法有：(1)基因型特异性引物PCR法;(2)限制性片段长度多态性分析法;(3)线性探针反向杂交法;(4)基因序列测定法等。
3.肝功能检查：
上面介绍的主要是病毒学的检测，那么我们怎么知道肝脏有没有损伤呢?肝功能检查就是从不同角度和侧面探测肝脏损伤，推断肝脏病理状态，并有助于查明原因、决定是否采取抗病毒治疗以及判断预后等一种非常重要的检测手段。常见检查项目包括：
1)血清转氨酶：
转氨酶是人体代谢过程中必不可少的“催化剂”，主要存在于肝细胞内。当出现肝损伤时，肝细胞中的转氨酶就会从细胞内溢至血液中，并且肝细胞内转氨酶的浓度要比血清高3000倍，因此转氨酶是反映肝脏炎性损伤和坏死的敏感指标，同时也间接反映机体免疫状态。
血清转氨酶包括丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)，以前我们把ALT称做谷丙转氨酶(GPT)，把AST称做谷草转氨酶(GOT)。在肝损伤敏感性方面ALT较AST更强，这主要是因为ALT是存在于肝细胞质中，只要当肝细胞膜发生通透性改变时(损伤开始)，ALT就会出现异常提示;而AST主要存在于线粒体中，一般只有在肝细胞破坏程度加重或者线粒体膜破坏时才进入血浆，因此AST异常提示肝坏死严重，临床有称之为ALT/AST比例倒置。
2)碱性磷酸酶(ALP)、γ-谷氨酰转肽酶(γ-GT)：它们是反映胆汁淤积和肝外梗阻性黄疸的敏感指标。
3)血清胆红素：通常血清胆红素水平与肝细胞坏死程度有关，但需与肝内和肝外胆汁淤积所引起的胆红素升高鉴别。肝衰竭患者胆红素常较高，且呈进行性升高，并可出现胆红素与转氨酶分离现象(胆酶分离)。
4)总蛋白(TP)、白蛋白(ALB)、球蛋白(G)：反映肝脏合成功能，慢性肝炎中度以上、肝硬化、重型肝炎时可见总蛋白、白蛋白下降，球蛋白升高，白/球比例下降甚至倒置。
5)血清胆碱酯酶(ChE)：反映肝脏合成功能，可用于判断病情轻重、监测肝病发展趋势。
6)凝血酶原时间、凝血酶原活动度检查：凝血酶原时间(PT)是反映肝脏凝血因子合成功能的主要指标，凝血酶原活动度(PTA)是PT测定值的常用表示方法，对判断肝病进展及预后有较大价值，近期PTA进行性降至40%以下为肝衰竭的重要诊断指标;20%者提示预后不良。
4.甲胎蛋白(AFP)检测：
是人体胚胎时期血液中含有的一种特殊蛋白，出生后其浓度会降至低水平，正常值<20微克/升。某些癌细胞，如肝细胞癌(HCC)，也会制造AFP，使它在血液中的浓度升至高水平，可大于400微克/升。但需要鉴别的是在急慢性肝炎、肝硬化时AFP也会增高，多数在25～200微克/升，一般不超过2个月，当肝功能好转后AFP逐渐降至正常。因此肝硬化患者在怀疑肝细胞癌时需要对AFP升高的幅度、持续时间、动态变化及其与ALT、AST的关系，并结合患者的临床表现和B超等影像学检查结果进行综合分析。
5.肝纤维化血清检测：
肝纤维化血清学检查对肝纤维化诊断具有一定的参考价值，但缺乏特异性。
检查包括：透明质酸(HA)、Ⅲ型前胶原氨基端肽(PⅢP)、Ⅳ型胶原(C-Ⅳ)、层粘蛋白(LN)，其中HA对肝纤维化早期诊断敏感性强。
各检查项目参考值为：HA<110微克/升，PⅢP<120微克/升，C-Ⅳ<80微克/升，LN<150微克/升。
6.影像学诊断：
影像学检查包括对肝、胆、脾进行B超、CT和磁共振成像等检查。
影像学检查的主要目的是鉴别诊断和监测慢性乙型肝炎的病情进展及发现肝脏的占位性病变如肝癌等。B超检查因其简单方便、安全经济，是目前肝脏影像学检查中最常用的手段。
正常肝脏B超检查声像图见：(1)肝脏大小：肝右叶斜径<1.3cm;(2)形态：包膜光整、无特殊形变;(3)实质：回声大小相似、辉度相近，光点细小暗淡、分布均匀;(4)管道：门静脉、肝动脉、胆管等走向正常，血管清晰;(5)肝门静脉内径<1.2～1.3cm。脾静脉内径<0.8cm。
B超检查对肝硬化、门静脉高压以及腹水的诊断均有较高的诊断价值。肝硬化B超声像图见：早期肝脏正常或增大，晚期则缩小。肝表面明显凹凸不平，锯齿状或波浪状，肝边缘变钝，肝实质回声不均、增强、呈结节状。门静脉高压时肝门静脉内径大于1.3厘米，脾静脉内径大于0.8厘米，脾肿大。腹水患者在腹腔内可见液性暗区。
B超检查对慢性乙肝诊断可供参考：
1)轻度：B超检查肝脾无明显异常改变;
2)中度：B超检查可见肝内回声增粗，肝脏和(或)脾脏轻度肿大，肝内管道(主要指肝静脉)走行多清晰，门静脉和脾静脉内径无增宽;
3)重度：B超检查可见肝内回声明显增粗，分布不均匀;肝表面欠光滑，边缘变钝;肝内管道走行欠清晰或轻度狭窄、扭曲;门静脉和脾静脉内径增宽;脾脏肿大;胆囊有时可见“双层征”。
7.肝组织病理学检查：
肝组织病理学检查简称肝活检，是通过肝穿刺针穿取少量肝组织进行病理组织学检查。它在肝脏疾病的诊断、分类及预后判定上占有重要地位，是明确诊断、衡量炎症活动度、纤维化程度以及判定药物疗效的金标准。